Apenas oito meses depois de haver chegado ao Rio de Janeiro, recebeu o Príncipe D. João, em novembro de 1808, uma petição dos moradores da Lagoa e Botafogo solicitando a criação de uma paróquia na Zona Sul da cidade, já que a igreja mais próxima onde podiam celebrar os sacramentos era a de São José, no centro, o que demandava quase um dia de viagem. Aprovou D. João a idéia e depois de uma longa burocracia que durou quase seis meses( naqueles tempos a lentidão dos serviços públicos era de amargar...), foi expedido o Alvará Régio de 12 de maio de 1809 que criou a nova Freguesia de São João Batista da Lagoa, santo escolhido não por devoção local dos fiéis e sim por ser o onomástico de D. João( os nossos governantes daqueles tempos não primavam pela modéstia...).

     A nova freguesia abarcava áreas que iam do bairro da Lapa até a distante Gávea, passando por Lagoa, Ipanema e Copacabana ou seja, toda a atual Zona Sul do Rio de Janeiro. Foi na mesma ocasião nomeado o primeiro vigário, o Reverendo Manuel Gomes Souto.

     A única capela em condições de abrigar a nova freguesia era a antiga ermida de Nossa Senhora da Conceição, erguida antes de 1732 às margens da Lagoa Rodrigo de Freitas, no antigo Engenho de N. Sra. Da Conceição da Lagoa, e que fora desapropriado em junho de 1808 por D. João para ali se fundar a Real Fábrica de Pólvora da Lagoa e, posteriormente, o Real Horto Botânico, origem do nosso Jardim Botânico. O Engenho de N. Sra. Da Conceição era o segundo em antigüidade no Rio, cujas origens remontavam a 1575, fundado que foi pelo Governador Antônio de Salema com o nome de "Engenho D`El Rei".

      A capelinha era própria para um engenho, mas desde logo mostrou ser inconveniente como sede paroquial. Era afastada dos fiéis, de modestas dimensões, possuía pequeno campanário lateral e alpendre fronteiriço e, pior, colada à uma perigosa fábrica de pólvora. Como se fosse pouco, Monsenhor Souto a recebeu caindo aos pedaços. Em 1824 tentou-se comprar um terreno em Botafogo para se erguer nova matriz, mas faltou dinheiro. Para piorar, a capela não agüentou e desabou em 1826 após uma explosão da fábrica vizinha, forçando a transferência provisória da Matriz para a ainda menor Capela de São Clemente, que fora fundada em Botafogo no século XVII pelo Padre Clemente Martins de Matos em sua própria homenagem e que ainda há algumas décadas atrás se via no final da rua Viúva Lacerda. Da velha Capela da Conceição da Lagoa não há mais vestígios, haja vista que em seu local ergue-se o prédio da EMBRAPA, na rua Jardim Botânico.

     As dificuldades financeiras abateram Padre Souto, que pediu e obteve sua exoneração em 1830. A situação começou a mudar ano seguinte, quando o Comendador português Joaquim Marques Batista de Leão doou um terreno de vinte braças de frente por quarenta de fundo na rua Nova de São Joaquim, inaugurada pelo próprio em 1826 e batizada em auto-homenagem, rua aberta em terras de sua chácara e que em 1871 ganharia o bonito nome de Voluntários da Pátria. No termo de doação especificava que ali também se ergueria o cemitério da Freguesia, coisa que não chegou a acontecer, já que em 1850 foram proibidos enterros nos templos.

     Em 24 de junho de 1831 foi lançada a pedra fundamental do novo templo pelo Bispo do Rio de Janeiro D. José Caetano da Silva Coutinho, tendo ele próprio e depois de sua morte seus descendentes feitas grandes doações pecuniárias para o rápido erguimento da Matriz. O projeto da igreja coube ao Major engenheiro Beaurepaire Rohan, tendo sido inaugurada a Capela Mór em 1836 e no ano seguinte a do Santíssimo, que foram convenientemente paramentadas quando se organizou a primeira procissão em 1841. Em 1858 o Major Rohan abriu a fronteira rua da Matriz para lhe dar maior realce à fachada. Por volta de 1860, com o templo ainda em obras, o Vigário José Correia de Sá Coelho transferiu a pia batismal para a nova sede, abandonando de vez a Capela de São Clemente. Em 1862 assume o vicariato Monsenhor Francisco Martins do Monte, padre ativo, misto de intelectual e aventureiro( foi um dos fundadores do Instituto Histórico e Geográfico Brasileiro e dos primeiros a escalar a Pedra da Gávea para examinar supostas inscrições fenícias.), que terminou as obras da igreja em 1864, depois de 33 anos de labutas.

     O belo e artístico Altar Mór neoclássico executado em pinho de Riga deve ter sido inaugurado na mesma ocasião. O crescimento do rico bairro de Botafogo logo motivou aos fiéis a ampliação do templo, iniciada em 1873 com uma nova fachada monumental em pedra gnaiss, projetada em estilo neoclássico pelo arquiteto Francisco Joaquim Bethencourt da Silva, então um dos mais afamados do Império. Dois anos depois já estavam prontas a Capela Mór com seus finíssimos estuques, a Capela do Santíssimo( hoje desmontada), as paredes laterais, que foram aumentadas em altura e ornadas com belos altares de mármore( hoje desaparecidos) e a imponente frontaria de gnaiss da Pedreira do Morro da Viúva. Finalmente, em 24 de julho de 1875 é elevada com festas a cruz sobre o frontispício, Passando-se então aos acabamentos internos, tendo o último dos seis altares laterais de mármore de Carrara ficado pronto somente neste século.

     O templo não tinha torres sendo em 1877 iniciadas as obras da torre sineira do lado do Evangelho, logo depois foi a vez da torre da Epístola. Em 1880 ambas foram redesenhadas pelo arquiteto espanhol Adolfo Morales de Los Rios e completadas entre 1895 e 1900. Em 1907 foi colocado um relógio europeu na torre da Epístola, mas os três sinos da igreja só foram fundidos pelo Arsenal de Marinha e colocados nas sineiras em 1947. Em princípios deste século foi instalado na Matriz seu famoso órgão, considerado ainda hoje pelos especialistas como o melhor do Rio de Janeiro. Inicialmente ele foi confiado ao organista inglês Harcourt de Saville. Depois passou às mãos de D. Nadyr leite e D. Maria Inês Cardoso Pereira, exímias artistas nacionais.

     Quase destruíram o templo por uma obra infeliz em 1958, quando do alargamento da rua, tem sido a bela Igreja Matriz de Botafogo restaurada desde 1967 por Monsenhor Arlindo Thiessen, que salvou o que pôde e impediu, com obras emergenciais, que a formosa fachada pétrea desabasse sobre a via pública.

     A Matriz foi tombada pelo Município em 09 de setembro de 1987, achando-se novamente em processo de restauração, sendo remontados o antigo batistério e Capela do Santíssimo, tudo isso com amplo apoio da comunidade botafoguense que, assim, zela pela preservação do mais importante e cênicamente expressivo bem cultural de nosso bairro.